V souladu s právem EU byla zřízena Rozhodčí komise, která rozhoduje šlechtitelské spory, tj. právní spory mezi chovateli zapojenými do šlechtitelských programů Svazu navzájem a mezi těmito chovateli a Svazem coby plemenářským spolkem týkající se provádění šlechtitelských programů Svazu. Hlavním smyslem existence Rozhodčí komise je přispívat k vyjasnění vztahů mezi chovateli navzájem a mezi chovateli a Svazem při provádění jeho šlechtitelských programů k spravedlivé ochraně práv a oprávněných zájmů zúčastněných osob, jakož i přispívat k dodržování povinností a zásad plynoucích z dotčených šlechtitelských programů. Rozhodčí komise nerozhoduje jiné než šlechtitelské spory.

Rozhodčí komise je obsazována Spolkovou radou osobami z řad příslušných oborníků. Právní postavení a činnosti Rozhodčí komise upravují stanovy Svazu a Jednací řád pro chovatele podílející se na šlechtitelských programech.

Podání u Rozhodčí komise je nutné učinit elektronicky na stanoveném formuláři na adrese spory@schok.cz a toto je zpoplatněno peněžní částkou 1 000,- Kč, která se spolu s podáním hradí na bankovní účet Svazu. V případě podání Rozhodčí komisi je této nutné k rozhodnutí sporu poskytnout veškeré jí požadované informace a podklady, pokud nejsou součástí podání. Pokud nebude uhrazen poplatek nebo nebude podání učiněno předepsaným způsobem, Rozhodčí komise takové podání odmítne a šlechtitelský spor řešit nebude.